Centro steigimui ypač pagelbėjo Vokietijos Kelno ir Drezdeno-Maiseno vyskupijų jaunimo sielovadininkų pasidalinta patirtis. Susipažinus su pastarųjų įgyvendintomis jaunimo sielovados struktūromis, atsižvelgus į vietos situaciją, buvo organizuojama jaunimo veikla Kauno ir Vilniaus arkivyskupijose. Jau 1995 metais buvo parengti ir pradedami įgyvendinti pirmieji planai, kuriuos ruošė tuo metu centre dirbanti 5 asmenų komanda: kunigas, klierikas, vienuolė ir du pasauliečiai. Tuo metu Kauno arkivyskupijos evangelizacijos centras kėlė tokius tikslus:
– Rinkti ir skleisti aktualią vadovams ir ne tik informaciją apie renginius, iniciatyvas arkivyskupijoje; rengti parapijoms pastoracinius bendradarbius (jaunimo vadovus);
– Remti jaunimo veiklą parapijose;
– Rūpintis jaunimo chorų (giedojimo grupių) ir ministrantų sielovada;
– Skatinti bendradarbiavimą tarp katalikiškų jaunimo organizacijų ir grupių;
– Teikti metodinę paramą.
Siekiant struktūrizuoti, sukurti darbo sistemą su jaunimu, jų lyderiais, vadovais, seminarija, kunigais, kitomis institucijomis bei katalikiškomis organizacijomis, darbuotojai Kauno arkivyskupijos teritoriją suskirstė į penkis regionus: Šiaulių, Kėdainių, Raseinių, Jonavos ir Kauno. Įvertinus 1995 ir 1996 metų patirtis, darbuotojai akcentavo poreikį bendradarbiauti su kitų šalių katalikišku jaunimu (pradėta partnerystė su kelių Vokietijos vyskupijų jaunimo sielovados vykdytojais), supažindinti seminaristus su jaunimo pastoracijos svarba ir pagrindiniais principais, o taip pat skirti dėmesį Vytauto Didžiojo Universiteto Katalikų Teologijos fakulteto studentams. 1997 metais, užmezgus artimesnius santykius su įvairiose Kauno arkivyskupijos parapijose veikiančiais pastoraciniais bendradarbiais – jaunimo vadovais, kunigais, toliau buvo kuriama, papildoma, tobulinama jaunimo sielovados darbo struktūra. Teritorija perskirstyta į keturis regionus: Kėdainių, Raseinių, Jonavos ir Kauno, nes tais pačiais metais įkurta Šiaulių vyskupija (1997 metų ataskaita, KAJC archyvas). Tokiu būdu jaunimo sielovados vystymasis įgavo pagreitį, veikla apėmė daug svarbių sričių. Daug dėmesio skirta parapijų jaunimo grupių vadovų, lyderių ugdymui, rengimui. Pastoviai buvo organizuojami įvairiapusiški seminarai: pvz., gavėnios/advento, vasaros stovyklų vadovams, Kauno kunigų seminarijos auklėtiniams, pradedantiesiems pastoraciniams bendradarbiams, lyderiams ir kiti.
1998 metais gruodžio 1 dieną evangelizacijos centras įstatų patvirtinimu buvo įformintas kaip Kauno arkivyskupijos jaunimo centras (toliau KAJC).
KAJC pagalba mezgėsi santykiai tarp skirtingų parapijų, organizacijų, valstybių. Tapo kur kas lengviau pasiekti pastoracinius bendradarbius perduodant informaciją. Tokio tinklo pagalba buvo galima rengti didesnius renginius parapijose, dekanatuose, arkivyskupijoje, buvo galima stebėti esamą jaunimo sielovados situaciją, o seminarų, konferencijų metu dalintis patirtimi, pagelbėti parapijoms užmegzti tarpusavio santykius. Ilgainiui jaunimo grupių vadovai parapijose, jų klebonai įvertino KAJC pagalbą, paramą bei rūpestį jais. Kad dar labiau palengvinti jaunimo pastoracijos srityje veiklą, buvo nuspręsta įkurti jaunimo centrus dekanatuose. Pradėtas įsteigimo procesas Jurbarko, Jonavos ir Kėdainių dekanatuose. 1999 metais buvo įformintas pirmas dekanato jaunimo centras (Jurbarke), surasti darbuotojai, savanoriai, pradėta veikla. Iki 2000 metų trukęs jaunimo sielovados organizavimas Kauno arkivyskupijoje „įgavo pagreitį“. Jubiliejinių metų proga vykusiame Eucharistiniame kongrese KAJC darbavosi pilnu pajėgumu, plėsdamas veiklos sritis.
Nuo įkūrimo pradžios iki šiol KAJC ruošiasi ir dalyvauja Pasaulinėse jaunimo dienose, kartu su kitų vyskupijų jaunimo centrais organizuoja Lietuvos jaunimo dienas, buvo įsijungęs į jaunimo socialinio konsultavimo tinklo kūrimą, ruošė spaudai įvairią metodinę medžiagą. Nuo 2001 metų jaunimo centro komandoje likus 3 asmenims, KAJC vykdė įprastą veiklą, jungėsi ir organizavo įvairius socialinius projektus, renginius kaip socialinės pastoracijos (tarnystės artimui) programą, jaunimo socialinio konsultavimo tinklo kūrimą (narkomanijos prevencija), įsitraukė į Kauno miesto organizuojamas Kauno miesto dienas, jaunimo organizacijos „apskritas stalas“ veiklą. Buvo paruoštas leidybai „Ministrantų praktinis vadovas“ ir išleisti „Metodai kūrybingai maldai“. Šie leidiniai – tai reali pagalba parapijų jaunimo sielovados organizavimui.